這“五大工程”是：
　　
　　一是生活污染治理工程。我市以實施《三峽庫區及其上游水污染防治規劃》為契機，大力推進生活污水處理廠和生活垃圾處理項目建設。2008年底，全市生活污水處理率和生活垃圾處理無害化處理率分別超過72%和78%，其中三峽庫區已分別達到83%和92%。到今年年底，全市所有區縣的污水和垃圾處理項目都將建成并投入運行。
　　
　　二是工業污染治理和搬遷工程。結合三峽庫區淹沒企業的搬遷，對庫區1397家工業企業實施搬遷和結構調整，保留389戶，其余1008戶實施破產關閉和資產重組。完成了納入《規劃》中的65個工業廢水治理項目，搬遷了重慶主城區范圍內98家工業企業，開展了全市造紙、電鍍、電解錳、碳酸鍶等行業的專項整治，關閉了28家不能穩定達標的造紙企業、14家碳酸鍶企業、60多家小電鍍企業。
　　
　　三是“禁磷”工程。在全市范圍內禁止銷售和使用含磷洗滌劑，通過“禁磷”每年減少進入水體的磷1800噸。
　　
　　四是庫底清理和漂浮物打撈工程。完成了四期庫底固體廢物清理、衛生清理、建筑物清理和林木清理工作；開展了庫區漂浮物清理工作，清理打撈和轉運處置漂浮垃圾50余萬噸。
　　
　　五是次級河流水污染和船舶污染整治工程。主城區桃花溪流域綜合整治取得實效；清水溪綜合整治工程已取得階段性成果。梁灘河、桃花河、御臨河、澎溪河等整治工程正在開工建設或開展前期工作。推進船舶廢棄物集中處理和化學品運輸船舶洗艙基地建設，在主城、萬州、巫山等主要客運港區設置了固體垃圾接收站，庫區30馬力以上的運輸船舶均配備了油水分離設備和污油水儲存裝置，600多艘船舶安裝了一體化生化處理裝置。
　　
　　在推進“五大工程”的同時，加強環境監察體系、環境安全應急體系和庫區水環境監測三大體系建設。系統地開展了長江、嘉陵江、烏江和84條重要次級河流、區縣及鄉鎮集中式飲用水源地水質監測、次級河流回水區“水華”預警及應急監測，在長江、嘉陵江、烏江、渠江、涪江建設了7個水質自動監測站。以 12369中心為基礎，建立環境應急處置指揮平臺，構建了應急聯動網絡體系。
　　
　　與此同時，強化五項保障措施：強化環境法制建設，頒布了《重慶市環境保護條例》和《重慶長江三峽庫區流域水污染防治條例》，對環境違法行為制定了比國家層面的法律更嚴格的處罰規定；強化總量控制，實行了建設項目“批項目核總量”和“增一降一”審批制度，做到“增產不增污”或“增產減污”；強化建設項目環境管理，出臺了《重慶市工業項目環境準入規定》，將污染物排放效率限值指標作為項目準入條件，對庫區新建工業項目的污染控制和環境風險防范等提出了嚴格要求；強化投入，每年財政安排專項資金支持水環境保護項目建設，“十五”以來我市用于水環境保護的投入達到130億元以上；強化目標考核責任制，形成齊抓共管的環保工作機制。
　　
　　通過這一系列舉措，庫區水質保持穩定并有所改善。2008年，長江、嘉陵江和烏江重慶段各監測斷面水質均滿足Ⅲ類水質標準，其中滿足Ⅰ、Ⅱ類水質斷面比例占90.5%。國控飲用水源地和城鎮集中式飲用水源地水質滿足水域功能要求的斷面比例均為100%，三峽工程175米試驗性蓄水后，“三江” 干流和集中式飲用水源地水質保持穩定。