實施科技重大專項是黨中央、國務院著眼我國長遠發展，推動自主創新，實現創新驅動、內生增長的一項重大戰略決策，是《科技規劃綱要》確定的一項重要任務，是我國新時期科技工作的重中之重。“十一五”期間，在相關部門、地方政府和廣大科研人員的共同努力下，我國科技重大專項緊緊圍繞“核高基、集成電路裝備、寬帶移動通信、數控機床”等16個涉及信息、能源資源環境等領域開展工作，取得顯著進展：共部署3000余個項目和課題，其中，中央財政投入500億元，帶動全社會資金投入約1000億元。
　　
　　科技重大專項的成功實施，推動了政產學研用緊密結合，促進科技成果轉化與產業化，從而使企業創新主體地位得到進一步加強。初步形成了運轉高效的組織實施機制，和市場經濟條件下的新型舉國體制。為應對國際金融危機、調整產業結構、培育戰略性新興產業和改善民生提供了強有力的科技支撐，帶動我國經濟實力和科技實力的整體躍升。
　　
　　在核高基專項中，新研制的飛騰1000國產中央處理器芯片(CPU)在千萬億次計算機系統“天河一號”上得到驗證和應用，標志著我國超級計算機核心芯片自主研發取得重大突破。沃Phone等智能終端操作系統研發成功，對推動我國嵌入式操作系統以及移動互聯網的發展具有重要意義。
　　
　　集成電路裝備專項的65納米介質刻蝕機經多國客戶近百次測試，與世界上最先進設備的芯片加工結果相比，加工質量好，單位投資產出量高35%—50%，成本降低30%—35%，2010年已銷售12臺，并取得國外批量訂單，顯著提升了我國集成電路高端制造裝備產業國際競爭力，并將帶動太陽能、平板顯示等一系列新興產業發展。
　　
　　寬帶移動通信專項的實施，加速了我國自主知識產權的時分同步碼分多址(TD—SCDMA)標準的移動通信從芯片、終端、系統、儀表、軟件到業務應用等完整產業鏈建設，用戶數已突破2000萬。時分長期演進技術(TD—LTE)系統在2010年上海世博會成功示范，展示了我國TD—LTE的產業化能力。我國4G標準提案已成為國際標準，大大提升了我國移動通信產業在未來全球4G標準上的話語權。
　　
　　轉基因新品種培育專項累計培育了36個抗蟲棉新品種，3年累計推廣1.67億畝，凈增效益160億元。抗蟲轉基因水稻、轉植酸酶基因玉米獲得安全生產證書。針對公眾的普遍關注，初步建立起我國轉基因技術體系和安全評價技術體系。
　　
　　在新藥創制專項的支持下，先后研制出一批具有自主知識產權的新藥品中，16個產品獲得新藥證書，24個品種提交新藥注冊申請，抗肺癌藥埃克替尼等17個品種完成臨床試驗。36個藥物大品種技術改造順利實施。
　　
　　通過傳染病防治專項實施，HIV血液篩查窗口期由三周縮短到兩周，艾滋病DNA/復制型痘苗病毒疫苗完成1b期臨床試驗。5項結核病診斷產品獲得醫療器械證書。建立了傳染病監測檢測實驗室網絡。
　　
　　在能源領域，油氣開發專項攻克了油氣勘探開發和提高采收率等一批核心關鍵技術。我國首個超萬道級地震數據采集記錄系統，已成功通過2000道工程樣機實際生產考核，其高速數據傳輸能力比目前國際主流產品提高2至5倍。研制成功3000米深水半潛式鉆井平臺，使我國油氣工業生產能力實現了從水深500米到3000米的跨越式發展。
　　
　　在大型核電站專項的支持下，AP1000重大共性技術和關鍵設備材料研究取得實質性進展，在世界上率先掌握了以非能動技術為標志的第三代核電建造技術。CAP1400完成概念設計。高溫氣冷堆工程化研究走在世界前列。大型核電站反應堆壓力容器、蒸汽發生器大鍛件等重大部件制造技術取得突破。
　　
　　水污染治理專項突破了一批重點流域污染物減排、水質改善和飲用水安全保障關鍵技術，研發了污水深度處理等一批成套裝備，已建成處理規模2萬噸/天的膜生物反應器(MBR)強化脫氮除磷示范工程，水質達到一級A排放標準。
　　
　　數控機床專項研制的重型五軸聯動車銑復合機床、超重型臥式鏜車床研發成功，在三代核電自主化建設中發揮了重要作用。世界最大的3.6萬噸黑色金屬垂直擠壓機已投入生產，每年可為相關企業節約成本100億元以上。
　　
　　大飛機專項支持的C919大型客機完成了可行性研究論證和預發展階段工作，已轉入工程發展階段。已簽訂100架啟動訂單，標志著C919大型客機已獲主流航空公司認可。
　　
　　通過載人航天與探月工程專項的實施，神舟七號載人航天飛行圓滿成功，標志著我國成為世界上第三個獨立掌握空間出艙關鍵技術的國家。嫦娥一號、嫦娥二號繞月探測取得圓滿成功，實現了我國探測器首次到達地球以外天體，是我國航天事業發展的里程碑。
　　
　　展望“十二五”，國家科技重大專項作為新時期培育戰略性新興產業、調整經濟結構的強大引擎，必將在突破經濟社會發展瓶頸、解決重大民生問題、搶占國際科技競爭制高點、加快轉變經濟發展方式、建設創新型國家的征程中做出更大貢獻。